Необходимо проверить в реестре по адресу HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager ключ "BootExecute". По умолчанию там стоит "autocheck autochk *", что означает проверку всех дисков при загрузке после аварийного выхода из системы. Можно вместо * указать букву системного диска, и будет проверяться только он. Если в этом ключе есть еще какие-то значения их надо удалить.